Suatu sistem merupakan subjek dari mismanajemen, kesalahan-kesalahan, kecuragan-kecurangan dan penyelewengan umum lainnya terjadi disini.
Pengendalian yang diterapkan pada sistem sangat berguna untuk mencegah hal-hal tersebut.
Apabila sistem memiliki pengendalian yang berguna untuk mencegah hal-hal negatif tersebut, maka sistem akan dapat terus melangsungkan hidupnya.
Macam – macam Pengendalian :
Pengendalian Secara Umum (general control) :

a. Pengendalian Organisasi
Pengendalian organisasi ini dapat dilakukan dengan cara melakukan pemisahan tugas dan pemisahan tanggung jawab yang tegas.
Dengan melakukan hal diatas maka memungkinkan kecurangan dan kesalahan diperkecil, karena adanya saling pengecekan.
b. Pengendalian Dokumentasi
Dokumentasi ini penting untuk keperluan :
1. Mempelajari cara mengoprasikan sistem.
2. Sebagai Bahan training.
3. Dasar pengembangan sistem lebih lanjut.
4. Dasar bila akan memodifikasi atau memperbaiki sistem lebih lanjut.
5. Materi acuan bagi pemeriksa sistem.
Macam Dokumentasi
• Dokumentasi Prosedur.
Berisi Prosedur-prosedur yang harus dilakukan.
• Dokumentasi Sistem.
Menunjukkan bentuk dari sistem (Flowchart)
• Dokumentasi Program.
Menggambarkan Logika Program

• Dokumentasi Operasi.
Berisi prosedur mengoprasikan program
• Dokumentasi Data.
Definisi dari item-item data dalam data base
c. Pengendalian Perangkat Keras
Pengendalian ini merupakan pengendalian yang sudah dipasang didalam komputer itu oleh pabrik pembuatnya. Ini berfungsi untuk mendeteksi kesalahan atau tidak befungsinya perangkat keras tersebut.
d. Pengendalian Keamanan Fisik
Pengendalian keamanan fisik untuk menjaga keamanan terhadap perangkat keras, perangkat lunak dan manusia di dalam perusahaan.
Akibat yang bisa timbul :
1. Menurunnya operasi kegiatan
2. Membahayakan sistem
3. Hilangnya atau menurunnya pelayanan kepada pelanggan
4. Hilangnya harta kekayan milik perusahaan

Teknik pengendalian keamanan fisik
 Pengawasan terhadap pengaksesan.
 Pengaturan lokasi fisik.
 Penggunaan alat-alat pengamanan.

Pengawasan terhadap pengaksesan
Merupakan proteksi yang berupa pembatasan terhadap orang-orang yang akan masuk ke- bagian yang penting.
 Penempatan satpam.
 Pengisian agenda tunjangan.
 Penggunaan tanda pengenal.
 Penggunaan closed-sircuit television.
 Tersedianya pintu masuk darurat satu arah.
Pengaturan lokasi fisik
Pengendalian terhadap lokasi fisik yang baik dapat berupa :
1. Lokasi yang tidak terganngu oleh lingkungan
2. Gedung yang terpisah
3. Tersedia fasilitas cadangan
Penggunaan alat-alat pengamanan
Alat-alat pengamanan tambahan dapat digunakan untuk mencegah sesuatu yang merugikan.
1. Saluran air
2. Alat pemadam kebakaran
3. UPS (Uninteruptible Power Sistem)
4. Stabilizer
5. AC ( Air Conditioner )
6. Pendeteksi Kebakaran
e. Pengendalian Keamanan Data
Merupakan pencegahan terhadap data yang tersimpan di simpanan luar supaya tidak hilang, rusak dan tidak diakses oleh orang yang tidak berhak.
1. Dipergunakan data log
2. Proteksi file
3. Pembatasan pengaksesan
4. Data backup dan recovery

f. Pengendalian Komunikasi
Jika sistem informasi menggunakan suatu network komunikasi untuk mentransmisikan data dari suatu tempat ke tempat yang lain maka pengendalian ini sangat penting.Yaitu dengan merubah plaintext ke ciphertext
Pengendalian Aplikasi
Pengendalian aplikasi merupakan pengendalian yang diterapkan selama proses pengolahan data berlangsung.
Pengendalian aplikasi dapat dikategorikan ke dalam:
a. Pengendalian Masukan
Pengendalian masukan ( input control ) mempunyai tujuan untuk meyakinkan bahwa data transaksi yang valid telah lengkap, terkumpul semuanya serta bebas dari kesalahan sebelum dilakukan proses pengolahannya.

Sebelum input dilakukan data capture ( penangkapan data ). Pengendaliannya sebagai berikut:
1. Nomer urut tercetak pada dokumen dasar.
2. Ruang maksimum untuk masing-masing field di dokumen dasar
3. Kaji ulang ( review ) data
4. Verifikasi data ( data verification )
Tahap pemasukan data adalah tahap memasukan data ke komputer
Pengendalian yang berupa programmed check dapat dilihat sebagai berikut ini
1. Echo Check
2. Existence Check
3. Matching Check
4. Field Check
5. Sign Check
6. Relationship atau Logical Check
7. Limit atau Reasonable Check
8. Range Check
9. Self-checking Digit Check
10. Sequence Check
11. Label Check
12. Batch Control Total Check
13. Zero-balance Check
b. Pengendalian Pengolahan
Tujuan dari pengendalian pengolahan ini adalah untuk mencegah kesalahan-kesalahan yang terjadi selama proses pengolahan data yang dilakukan setelah data dimasukan ke komputer. Kesalahan pengolahan dapat terjadi karena program aplikasi yang digunakan untuk mengolah data mengandung kesalahan. Bila suatu kesalahan yang terjadi terdeteksi selama proses pengolahan , maka harus ditampilkan dalam bentuk berita-berita kesalahan. Berita-berita kesalahan ini dapat ditampilkan di layar terminal , sehingga dapat terlihat oleh operator ataupun di cetak di printer dalam bentuk laporan-laporan kesalahan (listing error) pengolahan.
Pengecekan-pengecekan kesalahan pengolahan dapat berupa sebagai berikut.
1. Control total check
2. Matching Check
3. Reference File Check
4. Limit and Reasonable Check
5. Croosfooting Check
6. Record Locking
c. Pengendalian Keluaran
Keluaran (output) yang merupakan produk dari pengolahan data dapat disajikan dalam dua bentuk utama, yaitu hard copy dan dalam bentuk soft copy. Untuk menghasilkan laporan yang berbentuk hard copy dapat dilakuakan melalui beberapa tahapan, yaitu:

1 .Tahap menyediakan media laporan
-menyelenggarakan sistem penyimpanan media laporan cetak
-pengendalian terhadap pengaksesannya
-pemberian nomer urut
-penyimpanan cap pengesahan yang terpisah
2. Tahap memproses program yang menghasilkan laporan
3. Tahap pembuatan laporan di file (printer file)
4. Tahap mencetak laporan di media keras (kertas)
Laporan-laporan yang sensitif tidak boleh terbaca oleh orang lain yang tidak berhak, seperti misalnya operator komputer, hal ini dapat dilakukan dengan beberapa cara:
-Laporan dapat dicetak pada printer yang diletakan jauh dari operator komputer
-Data control group dapat mengawasi hasil laporan sewaktu laporan di cetak
-Pada waktu pencetakan laporan, printer tidak menggunakan pita ribbon, tetapi menggunakan kertas berkarbon, sehingga lembar yang terdepan tidak tercetak, tetapi lembar-lembar berikutnya tercetak
-Digunakan kertas khusus yang lembar termuka berwarna hitam, sehingga cetakan tidak terlihat
5. Tahap pengumpulan laporan
6. Tahap mengkaji ulang laporan
7. Tahap pemilahan laporan
8. Tahap distribusi laporan
Berikut ini adalah pengendalian-pengendalian yang dapat diterapkan pada tahap ini, yaitu:
-Laporan dapat di beri tanggal kapan dibuat, sehingga distribusi yang terlambat dapat diketahui oleh pemakainya
-Dibuat daftar distribusi siapa-siapa saja yang berhak untuk menerima laporan, sehingga distribusi tidak keliru ke pihak lain yang tidak berhak
-Untuk laporan yang penting, harus dibuat daftar penerimaan yang ditandatangani oleh si penerima laporan sebagai bukti bahwa laporan telah didistribusikan dan diterima dengan benar dan lengkap
9. Tahapan kaji ulang laporan oleh pemakai laporan
10. Tahap pengarsipan laporan
11. Tahap pemusnahan laporan yang sudah tidak diperlukan
Laporan yang berbentuk soft copy, informasi ditampilkan pada layar terminal dan tidak menggunakan media keras. Informasi pada media lunak tidak dapat di lepas dari alat keluarnya, sehingga tidak dapat didistribusikan. Pengendalian yang di lakukan pada laporan yang berbentuk soft copy ini meliputi dua hal, yaitu:
1. Pengendalian pada informasi yang di transmisikan
Pengendalian ini dimaksudkan supaya orang yang tidak berhak tidak dapat menyadap di tengah jalur untuk informasi yang dikirimkan.
2. Pengendalian pada tampilan di layar terminal
Pengendalian ini dapat dilakukan dengan beberapa cara, yaitu:
-Menempatkan masing-masing terminal di ruang yang terpisah
-Menampilkan informasi yang penting dan tidak ingin terlihat orang lain dengan tampilan intensitas rendah(low intensity) di layar terminal, sehingga tidak mudah terbaca dari jarak jauh
-Meletakkan terminal yang menghadap ke tembok, sehingga tidak mudah terlihat bagi mereka yang lewat.